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使用 Texshade 突出显示 CpG 位点

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使用 Texshade 突出显示 CpG 位点

因此，我使用 Texshade 显示 MSA（多序列比对）中的相似性。我最感兴趣的是 CpG 位点的比对（即核苷酸的 CG 对的位置）。我不确定如何显示仅突出显示 CG 对的 MSA。我尝试使用命令，\DNAgroups但这{CG}似乎不起作用。如果有人对如何做到这一点有任何建议，我们将非常欢迎。这是我当前的.tex文件：

\documentclass[10pt]{article}

\usepackage{times}
\usepackage{texshade}

\headheight=0pt
\headsep=0pt
\hoffset=0pt
\voffset=0pt
\paperwidth=11in
\paperheight=8.5in
\ifx\pdfoutput\undefined
\relax
\else
\pdfpagewidth=\paperwidth
\pdfpageheight=\paperheight
\fi
\oddsidemargin=-0.9in
\topmargin=-0.7in
\textwidth=10.8in
\textheight=7.9in

\pagestyle{empty}

\begin{document}
\begin{texshade}{./myFile.fasta}
\seqtype{N}
\shadingmode{similar}
\DNAgroups{CG}
\threshold{50}

\showconsensus[ColdHot]{bottom}

\shadingcolors{blues}

\hidelogoscale

\shownames{left}

\end{texshade}
\end{document}

另一点说明：我正在使用 R 包msa创建此.tex文件。

答案1

在此处输入图片描述我能找到的最佳解决方案是\shaderegion在所有序列上使用该函数，因此最终看起来像这样：

\shaderegion{1}{CG}{Red}{OrangeRed}

\shaderegion{2}{CG}{Red}{OrangeRed}

...

然后我将其余的阴影相似度转化为灰色，以便 CG 对更容易区分。

\shadingcolors{grays}

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