EDIT2（简化、澄清和更新）：
我目前在 Sharelatex.com 上使用natbib自定义plainurl.bst书目样式。还尝试使用plainurl.bstTexLive 默认的 -style。
代码如下：
\documentclass{article}
\usepackage[square]{natbib}
\begin{document}
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Mauris id metus at ex mollis dignissim.
Quisque vel dolor semper dui lobortis eleifend id vitae massa. Sed quis odio eget massa luctus
vehicula at in augue. Nam tempus in ante nec rutrum. Sed sollicitudin risus imperdiet turpis
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vel sit amet risus. Vestibulum odio metus, scelerisque vitae semper sit amet, feugiat sit
amet dolor. Morbi ut porttitor ex, nec egestas tortor. Suspendisse convallis cursus consequat.
Etiam quis lorem ex. Cras tempus erat et dolor tempus, sed feugiat augue sagittis
\cite{orson99, joint2006safety}.
Integer quis tincidunt mauris, eget blandit tortor. Pellentesque lobortis mollis
sem, non dignissim libero dignissim a. Pellentesque ac malesuada dolor, nec gravida elit.
Donec consequat arcu eget euismod sagittis. Aenean sollicitudin tincidunt mi ut bibendum.
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Nullam venenatis, ante quis imperdiet bibendum, velit mauris dapibus ex, ac hendrerit arcu
nunc quis est. Integer vitae eleifend sapien, a rutrum enim. Mauris id turpis eu
dolor tristique convallis. Sed quis ligula et neque rhoncus iaculis. Nulla tempor rutrum
ultrices. Etiam congue neque accumsan est iaculis placerat. In sed hendrerit nulla. Sed
fringilla erat quis tristique bibendum. Nunc tristique ullamcorper ligula eget lacinia
\cite{mead1999food}.
Ut sit amet lorem felis. Donec purus libero, sodales laoreet suscipit sed, semper vel
libero. Aenean consequat erat sed orci bibendum, sit amet dignissim diam elementum.
Proin pharetra efficitur dui, vitae lacinia nisi venenatis ac. Vivamus id risus luctus,
scelerisque ligula laoreet, blandit orci. Ut sodales mattis enim, et tristique augue
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Proin diam ipsum, vulputate ut tortor at, scelerisque aliquet eros. Curabitur id
venenatis enim. Pellentesque vitae consectetur erat. Nullam quis nisi condimentum,
lobortis eros sed, finibus sem. Sed vel dolor ac mi vulputate aliquet eget eget ipsum.
Duis id interdum augue, id pellentesque libero. Vestibulum a massa eget urna ornare feugiat
faucibus in nunc. Duis accumsan arcu blandit fringilla eleifend
\cite{joint2006safety}.
\bibliographystyle{plainurl}
\bibliography{ref}
\end{document}
编译后的 PDF 中的文本如下所示：
主要问题：
这里的问题是，将多个参考文献合并在一个括号中时，顺序会出错。结果如下：[1; 3]。但是，所需的（最好用逗号代替分号）格式是：[1, 2]。简而言之，所需的结果是文本中的引用按数字顺序排列：1、2、3、4、5。简而言之，文本中的引用应按以下顺序出现：[1, 2], [3], [4], [5]。底部的参考书目也必须按完全相同的顺序排序。
文档末尾的参考文献/书目列表在编译的 PDF 中如下所示：
可能与主要问题相关：
这里（上图）最重要的是参考文献应按数字顺序排列[1]，[2]和[3]（它们目前位于参考书目列表中）。因此，我们希望 [2]和[3]改变位置以反映文档正文中的实际顺序。我想当主要问题解决后，这个问题就解决了。
当前设置中已经满足的要求，但必须保留在 natbib 的解决方案/替代方案中：
最重要的要求之一（我目前使用的解决方案已经满足了这些要求）是，对于参考书目中的每个条目，姓氏应该首先出现，名字和中间名应该分别缩写为一个字母，如下所示：Lastname, F. M.还必须显示网站链接。
以下是所用示例书目文件的内容ref.bib ：
@book{joint2006safety,
title={Safety evaluation of certain food additives},
author={Dunn, Lloyd M and Dunn, Leota M and Bulheller, Stephan and H{\"a}cker, Hartmut},
number={56},
year={2006},
publisher={World Health Organization}
}
@article{mead1999food,
title={Food-related illness and death in the United States.},
author={Mead, Paul S and Slutsker, Laurence and Dietz, Vance and McCaig, Linda F and Bresee, Joseph S and Shapiro, Craig and Griffin, Patricia M and Tauxe, Robert V},
journal={Emerging infectious diseases},
volume={5},
number={5},
pages={607},
year={1999},
publisher={Centers for Disease Control and Prevention}
}
@online{orson99,
author = "Lastname, Firstname Middlename",
title = "{Website title. (03-04.1993)}",
url = "https://www.website.com/lkjdfgljfg/ljfdlgjlkjfdgkljlkdf/gjlkjfdgjlkfdglkjfgjl/lkfødkføkdsfølkdf",
note={(accessed 08.04.2018)}
}
文件的内容plainurl.bst可在此处找到（但我对其进行了细微的调整，改变了姓氏和名字的顺序，由于超出了此帖子的限制，因此无法在此处发布）：
http://tug.ctan.org/tex-archive/biblio/bibtex/contrib/urlbst/plainurl.bst
更新
根据 Mico 的建议，我尝试使用natbib.bstLivetex 2017 发行版附带的文件。但问题仍然存在。您知道是什么原因导致了这个问题吗？是否有可能实现数字排序，而无需在参考书目文件本身中手动按数字排序所有内容？