解决方案：原来是 documentclass 的问题。删除后prl问题\documentclass[reprint,aps,prl,superscriptaddress,notitlepage]{revtex4-2}就解决了。
我遇到了一个问题，我可以引用补充文档中的图表/公式/表格等，但不能引用部分。对于补充文档，我想在所有内容前添加“S”前缀，所以我在开头重新定义了它们。但是，这似乎不适用于这些部分，我不知道为什么。我在下面创建了一个最小的工作示例。
问题可能在于这些部分本身没有数字，但是我没有看到任何地方可以出于任何原因明确地关闭它们。
\documentclass[reprint,aps,prl,superscriptaddress,notitlepage]{revtex4-2}
\usepackage{lipsum}
\newcommand\startsupplement{%
\setcounter{table}{0}
\renewcommand{\thetable}{S\arabic{table}}
\setcounter{figure}{0}
\renewcommand{\thefigure}{S\arabic{figure}}
\setcounter{equation}{0}
\renewcommand{\theequation}{S\arabic{equation}}
\setcounter{section}{0}
\renewcommand{\thesection}{S\arabic{section}}
}
\begin{document}
\title{\textbf{\fontfamily{phv}\selectfont
Supplemental Material: \\ My Supplement Name}}
\author{Me}
\affiliation{Department of Physics}
\maketitle
\startsupplement
\section{First Section}
\label{sec:section1}
Referring to Section~\ref{sec:section1} \\
Referring to Section~\ref{sec:section2} \\
\thesection
\begin{equation}
\label{eq:linear}
y = mx + b
\end{equation}
\begin{equation}
\label{eq:exponential}
y = y_0 + e^{ax}
\end{equation}
Referring to Eqn.~\ref{eq:linear} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:exponential} \\
\lipsum[1]
\section{Second Section}
\label{sec:section2}
Referring to Section~\ref{sec:section1} \\
Referring to Section~\ref{sec:section2} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:linear} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:exponential} \\
\lipsum[2]
\end{document}