\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\DeclareMathOperator\Var{Var}
\begin{document}
\begin{equation*}
\begin{split}
& \sqrt{\smash[b]{\Var_\nu(f)}} \\
& \sqrt{\smash[b]{\Var_\mu(f)}}
\end{split}
\end{equation*}
\end{document}
其中\smash[b]
隐藏了表达的深度。