将程序 (samtools) 的输出传递到另一个程序 (bamToBed) 失败

Question

我应该如何将一个命令的输出传递给另一个程序，如下所示：

samtools view -bf 0x2 p1163.novo.tier2.bam | bamToBed -i stdin | coverageBed -a stdin -b genes.bed

但标准输入在我的终端上不起作用。

Answer 1

bamToBed -i /dev/stdin

或者

bamToBed -i -

应该管用。有一个错误。

编辑：-bsamtools 选项至关重要。