FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory
当我尝试使用循环处理批量数据的 csv 写入器将 csv 文件写入存储桶时,出现此错误。有关该错误的完整 Cloud Function 日志信息:
File "/workspace/main.py", line 299, in write_to_csv_file with open(filepath, "w") as outcsv: FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'gs://MY_BUCKET/MY_CSV.csv' Function execution took 52655 ms, finished with status: 'crash' OpenBLAS WARNING - could not determine the L2 cache size on this system, assuming 256k ```
尽管这个 bucket_filepath 肯定存在:我可以上传一个空的虚拟文件并获取它的“gsutils URI”(右键单击文件右侧的三个点),bucket_filepath 看起来会相同:'gs://MY_BUCKET/MY_CSV.csv'
。
我检查了是否保存了一个虚拟的 pandas 数据框,pd.to_csv
并且它使用相同的 bucket_filepath (!) 工作。
因此,一定有其他原因,可能是编写器不被接受,或者是with statement
打开了该文件。
引发错误的代码如下。这是在本地服务器上的正常 cron 作业中,在 Google Cloud Function 之外运行的相同代码。我在引发错误的行周围添加了两个调试打印,不再print("Right after opening the file ...")
显示。还显示了调用每个批次的子函数query_execute_batch()
,write_to_csv_file()
但可能不是这里的问题,因为错误在写入打开 csv 文件时就已经发生了。
requirements.txt
(然后作为模块导入):
SQLAlchemy>=1.4.2
google-cloud-storage>=1.16.1
mysqlclient==2.1.0
pandas==1.2.3
fsspec==2021.11.1
gcsfs==2021.11.1
unicodecsv==0.14.1
来自main.py
:
def query_execute_batch(connection):
"""Function for reading data from the query result into batches
:yield: each result in a loop is a batch of the query result
"""
results = execute_select_batch(connection, SQL_QUERY)
print(f"len(results): {len(results)}")
for result in results:
yield result
def write_to_csv_file(connection, filepath):
"""Write the data in a loop over batches into a csv.
This is done in batches since the query from the database is huge.
:param connection: mysqldb connection to DB
:param filepath: path to csv file to write data
returns: metadata on rows and time
"""
countrows = 0
print("Right before opening the file ...")
with open(filepath, "w") as outcsv:
print("Right after opening the file ...")
writer = csv.DictWriter(
outcsv,
fieldnames=FIELDNAMES,
extrasaction="ignore",
delimiter="|",
lineterminator="\n",
)
# write header according to fieldnames
writer.writeheader()
for batch in query_execute_batch(connection):
writer.writerows(batch)
countrows += len(batch)
datetime_now_save = datetime.now()
return countrows, datetime_now_save
请注意,要使上述脚本正常运行,我需要导入gcsfs
,以使存储桶可读写。否则,我可能需要一个 Google 云存储对象,例如:
storage_client = storage.Client()
bucket = storage_client.bucket(BUCKET_NAME)
然后使该存储桶中的文件具有进一步的功能,但这不是这里的目的。
下面是pd.to_csv
可以运行的代码,它使用虚拟 SQL 查询的输出SELECT 1
作为数据框的输入。这能保存到同一个 bucket_filepath,当然原因可能不只是pd.to_csv()
这样,也可能是因为数据集是虚拟的,而不是来自巨大的复杂 unicode 字符串SELECT query
。或者有其他原因,我只是猜测。
if records is not None:
df = pd.DataFrame(records.fetchall())
df.columns = records.keys()
df.to_csv(filepath,
index=False,
)
datetime_now_save = datetime.now()
countrows = df.shape[0]
我希望使用 csv 编写器,有机会使用 unicodecsv 模块以 unicode 格式写入,并有机会使用批次。
我可能愿意在 pandas 中更改为批次(loop + append
模式或chunksize
),就像将大型 Pandas Dataframes 分块写入 CSV 文件摆脱这个存储桶文件路径问题,但我宁愿使用现成的代码(永远不要触碰正在运行的系统)。
如何使用 csv 编写器保存该 csv,以便它可以在write
模式 =中在存储桶中打开一个新文件with open(filepath, "w") as outcsv:
?
给出的函数write_to_csv_file()
只是 Cloud Function 的一小部分,它使用了大量函数和级联函数。我无法在这里展示整个可重现的案例,希望能够通过经验或更简单的示例来回答。
答案1
答案是令人惊讶的。你必须gcsfs
如果您想使用 写入文件,请导入并使用该模块open()
。
如果使用pd.to_csv()
,import gcsfs
则不需要,但是gcsfs
仍然requirements.txt
需要pd.to_csv()
,因此,pandasto_csv()
似乎会自动使用它。
抛开惊讶pd.to_csv()
,下面是回答问题的代码(已测试):
def write_to_csv_file(connection, filepath):
"""Write the QUERY result in a loop over batches into a csv.
This is done in batches since the query from the database is huge.
:param connection: mysqldb connection to DB
:param filepath: path to csv file to write data
return: metadata on rows and time
"""
countrows = 0
print("Right before opening the file ...")
# A gcsfs object is needed to open a file.
# https://stackoverflow.com/questions/52805016/how-to-open-a-file-from-google-cloud-storage-into-a-cloud-function
# https://gcsfs.readthedocs.io/en/latest/index.html#examples
# Side-note (Exception):
# pd.to_csv() needs neither the gcsfs object, nor its import.
# It is not used here, but it has been tested with examples.
fs = gcsfs.GCSFileSystem(project=MY_PROJECT)
fs.ls(BUCKET_NAME)
# wb needed, else "builtins.TypeError: must be str, not bytes"
# https://stackoverflow.com/questions/5512811/builtins-typeerror-must-be-str-not-bytes
with fs.open(filepath, 'wb') as outcsv:
print("Right after opening the file ...")
writer = csv.DictWriter(
outcsv,
fieldnames=FIELDNAMES,
extrasaction="ignore",
delimiter="|",
lineterminator="\n",
)
# write header according to fieldnames
print("before writer.writeheader()")
writer.writeheader()
print("after writer.writeheader()")
for batch in query_execute_batch(connection):
writer.writerows(batch)
countrows += len(batch)
datetime_now_save = datetime.now()
return countrows, datetime_now_save
边注
不要像这样使用 csv 编写器。
它耗时太长了,参数为 5000 的 CFpd.to_csv()
只chunksize
需要 62 秒就可以加载 700k 行并将其作为 csv 存储在 bucket 中,而具有批处理写入器的 CF 需要超过 9 分钟,这超过了超时限制。因此,我不得不改用pd.to_csv()
并将我的数据转换为数据框。