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执行 dssp（二级结构分配）时出现问题

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执行 dssp（二级结构分配）时出现问题

我按照之前的帖子在 Ubuntu 上安装 dssp

如何在 12.04 下安装 dssp（二级结构分配）？

安装后，我尝试执行 dssp，/usr/local/bin/dssp 但它给了我以下错误 bash: /usr/local/bin/dssp: 无法执行二进制文件

我还尝试使用代码分析模拟中的一些轨迹文件

do_dssp -s md.tpr -f traj.xtc

但它也失败了，给出了下面的错误

Reading file md.tpr, VERSION 4.5.5 (single precision)
Reading file md.tpr, VERSION 4.5.5 (single precision)
Segmentation fault (core dumped)

请发给我一个解决该问题的方法。谢谢！

答案1

我认为你的问题是你没有写 sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp？（我刚刚安装并使用了 dssp，使用你提供的链接，它运行正常）

（您应该针对另一个问题提出另一个问题（提供更好的解释和新标题））

答案2

只需更新一点。这个程序在 Ubuntu 14.04 中安装起来非常容易

fmp@lucy:~/Downloads$ sudo apt-get install dssp
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done

The following extra packages will be installed:
libboost-iostreams1.54.0 libboost-program-options1.54.0
libboost-system1.54.0 libboost-thread1.54.0
The following NEW packages will be installed:
dssp libboost-iostreams1.54.0 libboost-program-options1.54.0
libboost-system1.54.0 libboost-thread1.54.0
0 upgraded, 5 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.

Setting up dssp (2.2.1-1) ...
Processing triggers for libc-bin (2.19-0ubuntu6.3) ...

您必须使用 mkdssp 来调用它！！示例：

要计算文件 1crn.pdb 的二级结构并将结果写入名为 1crn.dssp 的文件中，请输入：

mkdssp -i 1crn.pdb -o 1crn.dssp

答案3

这是个 bug。我之前在 GROMACS 的早期版本中使用 do_dssp。升级到 4.5.5 版本后，它无法运行。请有人在 UBUNTU 软件中心上传 GROMACS 4.6。我相信这个问题已经在 GROMACS 4.6 中修复了。请参阅这关联。

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