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在 Ubuntu 中运行 GROMACS 的问题

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在 Ubuntu 中运行 GROMACS 的问题

我是 Ubuntu 新手。我刚刚在我的 Ubuntu (16.04) 上使用以下命令安装了 gromacs (版本 5.1.2)：

sudo apt-get install gromacs

但是我无法运行该程序。 /usr/bin 当我使用以下命令时，gmx 文件已存在：

source /usr/bin/gmx
bash: source: /usr/bin/gmx: cannot execute binary file

我的电脑处理器类型是 x86-64。我也尝试过从 http://www.gromacs.org/Downloads 然后我使用命令：

tar xfz gromacs-version.tar.gz
tar (child): gromacs-version.tar.gz: Cannot open: No such file or directory
tar (child): Error is not recoverable: exiting now
tar: Child returned status 2
tar: Error is not recoverable: exiting now

我不知道问题是什么，也不知道该如何解决！我很感激任何建议。

答案1

我也遇到过这个问题。一开始我按照在 YouTube 视频中找到的说明安装了 gromacs。显然我安装成功了，但当我想运行该程序时，出现了和你一样的错误：

bash:source: /usr/bin/gmx cannot execute binary

经过大量搜索，我了解到gromacs的来源应该是：

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

不是

source/usr/bin/gmx

最后，我可以通过使用来自 gromacs 站点的安装说明来解决我的问题，但在我删除我的 Ubuntu 并安装新的之前。

这是我从这里使用的说明关联。

快速且粗糙的安装

  • 获取 C 和 C++ 编译器的最新版本。
  • 检查您是否拥有 CMake 版本 2.8.8 或更高版本。
  • 获取并解压最新版本的 GROMACS tarball。
  • 创建一个单独的构建目录并更改该目录。
  • 运行 cmake 并使用源路径作为参数
  • 运行 make、make check 和 make install

或者，作为要执行的命令序列：

tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz
cd gromacs-5.0.7
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

这将首先下载并构建必备的 FFT 库，然后是 GROMACS。如果您已经安装了 FFTW，则可以删除 cmake 的该参数。总体而言，此 GROMACS 构建在运行 cmake 的机器上是正确的，并且速度相当快。如果您想使用 GROMACS 最大限度地发挥硬件的价值，您将不得不继续阅读。遗憾的是，硬件、库和编译器之间的交互只会变得越来越复杂。

答案2

我也尝试过手动安装 gromacshttp://www.gromacs.org/Downloads然后我使用命令：tar xfz gromacs-version.tar.gz但它仍然不起作用

假设

  • gromacs-version.tar.gz是有效的文件名（旧版本的名称为gromacs-5.1.4.tar.gz，而 GROMACS 2016 系列的版本遵循以下方案gromacs-2016.4.tar.gz）
  • gzip 压缩的 tar 文件没有损坏
  • 你在正确的目录中
  • 档案所在的目录是可写的

tar xfz gromacs-version.tar.gz应该将文件解压到包含 README、一堆脚本和源代码的目录结构中。

请注意，解压tar.gz只是构建 GROMACS 的第一步。在此阶段，您还远未拥有可用的 GROMACS 系统！

拥有一个适合你自己系统的 GROMACS 安装可能会很有好处，特别是当使用通过以下方式安装的 GROMACS 构建的运行日志apt包含类似提示时

二进制与硬件不匹配 - 您可能会损失性能。
最适合此硬件的 SIMD 指令：AVX2_256
在 GROMACS 编译时选择的 SIMD 指令：SSE2

然而，我同意steeldriver这karel一点：不！

从包管理器安装 GROMACS 并在开始任何优化之前学习如何使用它！

正如steeldriver我们karel已经提到的，source gmx这不会带你去任何地方，gmx独自一人也不会；-)

从 5.0 版开始，GROMACS 中的所有工具（在早期版本中都是单独的二进制文件，例如pdb2gmx）现在只能作为gmx子命令访问！

我的建议是：

  1. 使用 repo 中的 GROMACS 版本。
  2. 通过学习一些基于 GROMACS 5.0（或更高版本）的最新教程来熟悉工作流程。真正适合入门的是以下教程贾斯汀·A·莱姆库尔。

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