TINKER 分子建模故障排除

TINKER 分子建模故障排除

我是一名正在做本科研究的学生。我正在使用 TINKER 进行建模(链接:https://dasher.wustl.edu/tinker/)。我是 Linux 和此程序的新手,想知道这里是否有人可以帮助我排除故障或帮助我找到可以帮助我排除故障的地方。

我目前已安装该程序,可以使用 Linux 终端中的路径命令打开它(我已按此方式设置)。它要求我输入我的坐标文件,然后我输入要测试的文件的名称。然后它提示我同样的问题。我继续输入文件名并得到相同的结果,程序要求我输入坐标文件。即使是只了解 Linux 程序的人。这可能是我的设置方式的问题吗?提前感谢大家的帮助。

答案1

不知道如何使用该程序会让事情变得非常困难!

我下载了 TINKER 和示例文件,如果我使用完全虚假的文件名,TINKER 只会提示我输入另一个文件名。没有错误消息使得该程序对初学者来说有点不友好。

如果我通过路径指定文件名,例如,~/tinker/fulldist/tinker/example/hexanes.xyz我会得到一条关于己烷的简短介绍,然后提示输入另一个文件名。因此,我认为您没有设置问题,但您可能应该找一个使用该程序的同学,并要求他提供简短的教程。

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