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val=${monTableau[${i_pe} ${i_pH} ${es} ${pa}]}>monTableau.inp

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val=${monTableau[${i_pe} ${i_pH} ${es} ${pa}]}>monTableau.inp

我根本不是程序员，但我需要编写一个脚本来剪切文件并从该文件生成多维数组。

我是一名化学家，所以我的数组应该是这样的：

[pe][pH][element][concentration].

这样，我将能够绘制单个元素的浓度变化酸碱度和佩。

所以我写了这个脚本来剪切我的输入文件和索引佩,酸碱度和物种，但现在我被困住了。我不知道如何完成它。

    #!/bin/bash
    inputFile='test.inp'

    awk '/Distribution of species/ {f=1} /Saturation indices/ {f=0} f' $inputFile > distriPack.inout
   csplit -z -f distri_ distriPack.inout /Distribution/ {*}
   sed -i '1,5d; $d' distri_*
   sed -i 's/^ *//' distri_*
   cut -d ' ' -f1 distri_* | sort | uniq > especes.inp
   grep -E "pH  =   " $inputFile | cut -d '=' -f 2 | cut -d ' ' -f 4 > ph.inp
   grep -E "pe  =   " $inputFile | cut -d '=' -f 2 | cut -d ' ' -f 4 > pe.inp

   declare -a tableVariable=(ipe ipH ies)

  ipe=0 
  tablepe=0
  for pe in cat "$pe.inp"
  do 
      if ([ $ipe -eq 0 ] || pePrev=pe)
          then 
           tablepe=$((tablepe+1))
           ipe=$((ipe+1))
           pePrev=$pe
           fi
             ipH=0
             tablepH=0
             for pH in cat "$pH.inp"
             do 
             if ([ $ipH -eq 0 ] || pHPrev=pH )
             then 
             tablepH=$((tablepH+1)) > tablepH.inp
             ipH=$((ipH+1))
             pHPrev=$pH
             fi
                ies=0
                tablees=0
                for espece in cat "$espece.inp"
                do
                    if ([ $ies -eq 0 ] || especePrev=espece )
                    then 
            #                       indEspece=0
            #                       for espece in distri_$pe
            #                       do 
            #                          if ([ $indEspece -eq 0 ])
                       maVariable= grep -E "espece" < distri_10  | cut -d ' ' -f 1 

                       ${tableVariable[ $((ipe)) $((ipH)) $((ies)) ]}=$((maVariable))
          #                     done            
                    ies=$((ies+1))
                    tablees=$((tablees+1))
                    especePrev=$espece
                    fi  
                    done
                   done

           done

val=${monTableau[${i_pe} ${i_pH} ${es} ${pa}]}>monTableau.inp

我想要这样的东西：for [pe][pH][specie]=[0][12][15]

索引表=浓度。

但我不知道如何在 bash 和文件 Distri_(pe/pH 索引值) 的第二列中表示与for pe = i, pH = j索引k 的种类相对应的行。这里有我的输入文件中的“一些”行：specie=kdo indexTable[i][j][k]=value

    >Initial solution 1. \newline
    >Description of solution 
    >pH = 0.0 
    >pe = 0.0 
    >Distribution of species 
    >Species Molality log Activity 
    >H+       1.1e+00 1.0e+00 
    >OH-      1.5e-14 9.5e-15 
    >Am+2     0.0e+00 0.0e+00


    >Initial solution 2. pe 0 pH 0.5 
    >Description of solution 
    >pH = 0.5 
    >pe = 0.0 
    >Distribution of species 
    >Species Molality Log Activity 
    >H+ 4.1e-01 3.1e-01 
    >OH- 4.5e-14 3.1e-14 
    >Am+2 0.0e+00 0.0e+00

我想得到类似的东西：outputfile_[pe value].out，其中数据将按如下方式排序：

    >Column 1    C2 .....      Cn 
    >Specie\pH   0             n 
    >H+          [H+] at pH=0  [H+] at pH=n

ETC

答案1

强调的文本我不确定您是否想在输出中打印“>”符号，或者它是否存在于输入中...请给我反馈，以便我可以在脚本中进行更正。

这应该做这份工作如果输入和输出是确切地正如你所描述的：

#!/usr/bin/awk
{
# Set the INDEX for each 'Initial Solution'
if ($1==">Initial"){
        gsub(/\./,"",$3);
        INDEX=$3;}

#Discard lines with 'Species' or 'Description'
if (($1==">Description")||($1==">Species")) next;

#Remove '>' from the first field
gsub(/>/,"",$1)

#Set the labels of the rows
PH[0]="Column"
PE[0]="Specie\\ph"
H[0]="H+"
OH[0]="OH-"
AM[0]="Am+2"

#Set other values (pH, pe, etc)
if ($1=="pH") PH[INDEX]=$3
if ($1=="pe") PE[INDEX]=$3
if ($1=="H+") H[INDEX]=$2" "$3
if ($1=="OH-") OH[INDEX]=$2" "$3
if ($1=="Am+2") AM[INDEX]=$2" "$3
}

# Print each array.
END {
for (i = 0; i <= INDEX; i++) printf("%s\t",i)
printf("\n")
for (i = 0; i <= INDEX; i++) printf("%s\t",PH[i])
printf("\n")
for (i = 0; i <= INDEX; i++) printf("%s\t",PE[i])
printf("\n")
for (i = 0; i <= INDEX; i++) printf("%s\t",H[i])
printf("\n")
for (i = 0; i <= INDEX; i++) printf("%s\t",OH[i])
printf("\n")
for (i = 0; i <= INDEX; i++) printf("%s\t",AM[i])
printf("\n")
}

一些注意事项：

  1. 第一行 (#!/usr/bin/awk) 应该指向 awk 在你的机器中的位置（whereis awk在提示符下尝试）
  2. 在最后一个块中，\t 在字段之间插入一个“制表符”。您可以将其替换为 2 个制表符的 \t\t、逗号 ',' 或简单的空格 ' ' 以满足您的需要。
  3. 保存此脚本并使用它，只需执行以下操作：awk -f script.name.awk input.file.inp

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