安装 pynauty 时出错：“错误：命令‘x86_64-linux-gnu-gcc’失败，退出状态为 1”

Question 1

完整的错误消息告诉您解决方案的一部分：您需要使用该-fPIC标志来编译 nauty。

下载 nauty，解压，进入目录
CFLAGS=-fPIC ./configure
make
下载 pynauty，解压，进入目录
ln -s ../nauty* nauty

但是，pynauty 的setup.py文件似乎配置错误：它不包含正确的 nauty 文件，因此如果此时构建和安装，导入将失败。修改（第 37 行）extra_objects中的参数：setup.py

# from
extra_objects = [ nauty_dir + '/' + 'nauty.so', ],
                      nauty_dir + '/' + 'nautil.o',
                      nauty_dir + '/' + 'naugraph.o'
                    ],
# change it to
extra_objects = [nauty_dir + '/' + 'nauty.a'],

python setup.py build
python setup.py install（如果你要安装到系统，请使用sudo，但最好使用虚拟环境反而）

虽然包现在已经安装并可导入，但整个测试套件失败。这是一个应该由库维护者修复的问题；请考虑向他们报告该错误。

Answer

完整的错误消息告诉您解决方案的一部分：您需要使用该-fPIC标志来编译 nauty。

下载 nauty，解压，进入目录
CFLAGS=-fPIC ./configure
make
下载 pynauty，解压，进入目录
ln -s ../nauty* nauty

但是，pynauty 的setup.py文件似乎配置错误：它不包含正确的 nauty 文件，因此如果此时构建和安装，导入将失败。修改（第 37 行）extra_objects中的参数：setup.py

# from
extra_objects = [ nauty_dir + '/' + 'nauty.so', ],
                      nauty_dir + '/' + 'nautil.o',
                      nauty_dir + '/' + 'naugraph.o'
                    ],
# change it to
extra_objects = [nauty_dir + '/' + 'nauty.a'],

python setup.py build
python setup.py install（如果你要安装到系统，请使用sudo，但最好使用虚拟环境反而）

虽然包现在已经安装并可导入，但整个测试套件失败。这是一个应该由库维护者修复的问题；请考虑向他们报告该错误。

Question 2

不，请不要这样做！pynauty 的作者 Peter Dobcsányi 告诉我，这个版本本质上是有缺陷的，并且不会产生正确的结果（特别是在“认证”功能中）。

他最近发布了全新版本 0.6.0（https://web.cs.dal.ca/~peter/software/pynauty/pynauty-0.6.0.tar.gz) 并且此版本绝对正确并且与 Python 2.7 和最新的 Nauty 兼容！

我已经测试过了，一切正常

Answer

不，请不要这样做！pynauty 的作者 Peter Dobcsányi 告诉我，这个版本本质上是有缺陷的，并且不会产生正确的结果（特别是在“认证”功能中）。

他最近发布了全新版本 0.6.0（https://web.cs.dal.ca/~peter/software/pynauty/pynauty-0.6.0.tar.gz) 并且此版本绝对正确并且与 Python 2.7 和最新的 Nauty 兼容！

我已经测试过了，一切正常

Question 3

除了 davidism 的回答之外，我还发现测试被破坏了，因为我在使用 Python 2.7 和 nauty25r9 编译 pynauty 0.5 时收到了一个警告：

src/pynauty.c: In function ‘_make_nygraph’:
src/pynauty.c:363:33: warning: passing argument 2 of ‘PyDict_Next’ from incompatible pointer type
     while (PyDict_Next(adjdict, &i, &key, &adjlist)) {
                                 ^
In file included from /usr/include/python2.7/Python.h:101:0,
                 from src/pynauty.c:15:
/usr/include/python2.7/dictobject.h:114:17: note: expected ‘Py_ssize_t *’ but argument is of type ‘int *’
 PyAPI_FUNC(int) PyDict_Next(

要修复此警告，请更改

int i,j;

进入src/pynauty.c

Py_ssize_t i;
int j;

并重新编译 pynauty。警告应该会消失，测试也应该会通过！

Answer

除了 davidism 的回答之外，我还发现测试被破坏了，因为我在使用 Python 2.7 和 nauty25r9 编译 pynauty 0.5 时收到了一个警告：

src/pynauty.c: In function ‘_make_nygraph’:
src/pynauty.c:363:33: warning: passing argument 2 of ‘PyDict_Next’ from incompatible pointer type
     while (PyDict_Next(adjdict, &i, &key, &adjlist)) {
                                 ^
In file included from /usr/include/python2.7/Python.h:101:0,
                 from src/pynauty.c:15:
/usr/include/python2.7/dictobject.h:114:17: note: expected ‘Py_ssize_t *’ but argument is of type ‘int *’
 PyAPI_FUNC(int) PyDict_Next(

要修复此警告，请更改

int i,j;

进入src/pynauty.c

Py_ssize_t i;
int j;

并重新编译 pynauty。警告应该会消失，测试也应该会通过！

Question 4

尽管您进行了编辑，但我仍不清楚您的步骤。假设您：

下载https://web.cs.dal.ca/~peter/software/pynauty/pynauty-0.4.tar.gz
将其提取到目录
运行cd aDirectory/nauty04/（或以其他方式（c）更改（d）目录到它
执行以下命令，没有任何问题或错误：

./configure # note this command for later make nauty.o nautil.o naugraph.o ln -s ../nautyXX nauty

并遇到了您在问题开头段落中描述的错误，那么您最有可能遇到的问题是 Python 默认配置为没有共享库。不幸的是，您下载的软件包正在搜索正在编译的共享库，但找不到。

建议的解决方案：运行./configure --enable-shared。这样，您就告诉 Python 也实际编译它们。您可能会遇到麻烦，具体取决于您那里有哪些共享库，但如果不了解更多信息，只能猜测。

资料来源：

https://github.com/docker-library/python/issues/21- 关于此问题的评论数量
https://github.com/docker-library/python/pull/23/files- 使用 --enable-sharing 修复
https://stackoverflow.com/questions/25539860/how-to-build-pyqt5-on-ubuntu
https://forum.qt.io/topic/48455/solved-compile-error-on-pyside-1-2-2-python-3-4-2-ubuntu-14-04-linking-cxx-shared-library-libshiboken-cpython-34m-so

我推荐 Github 链接，这里最清楚。

Answer