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最新的 Ubuntu 18.04LTS 中带有英特尔编译器的 HDF5 安装错误

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最新的 Ubuntu 18.04LTS 中带有英特尔编译器的 HDF5 安装错误

虽然我在 Ubuntu 16.04 LTS 版本上使用 HDF5 库时没有任何问题，但是在我将 Ubuntu 升级到 Ubuntu 18.04 LTS 后，我在使用 Intel Fortran 和 C 编译器安装 HDF5 时遇到了麻烦。

我使用 gcc 和 gfortran 成功安装了 HDF5。

但是，我需要安装带有英特尔 Fortran 和 C 编译器的 HDF5，才能进一步使用仅与英特尔编译器兼容的科学计算代码。

我安装了szip-2.1.1并zlib-1.2.11使用$HOME/LIB

  • ifort 版本 18.0.2
  • icc 版本 18.0.2（gcc 版本 7.0.0 兼容）
  • icpc 版本 18.0.2（gcc 版本 7.0.0 兼容）（parallel_studio_xe_2018_update2_cluster_edition、compilers_and_libraries_2018.2.199）

在 bash 配置文件中使用这些标志

export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export F9X=ifort
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip'
export FCFLAGS='-O3 -xHost -ip'

并尝试安装

hdf5-1.10.2

使用以下配置

./configure --prefix=$HOME/LIB --with-zlib=$HOME/LIB --with-szip=$HOME/LIB LD_LIBRARY_PATH=-L/home/scyook/LIB/lib CPPFLAGS=-I/home/scyook/LIB/include --enable-fortran --enable-cxx --enable-fortran2003

但是出现下一个错误消息。

checking size of size_t... configure: error: in `/home/scyook/LIB/hdf5-1.10.2`:
configure: error: cannot compute sizeof (size_t)

这是 config.log 的最后部分

.  #define SIZEOF_INT32_T 0   
.  #define SIZEOF_UINT32_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_LEAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_LEAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_FAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_FAST32_T 0    
.  #define SIZEOF_INT64_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT64_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_LEAST64_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_LEAST64_T 0    
.  #define SIZEOF_INT_FAST64_T 0    
.  #define SIZEOF_UINT_FAST64_T 0
configure: exit 77

我能获得解决此问题的帮助吗？

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