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如何在 Cygwin 中的 R 中安装 Rsubread、Edge R 和 limma 包？

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如何在 Cygwin 中的 R 中安装 Rsubread、Edge R 和 limma 包？

我是 Cygwin 新手，想在 Cygwin 中安装三个名为 和 的软件包。Rsubread EdgeR我在Cygwin 控制台中输入，然后进入 R 环境，安装软件包如下：limmaRR

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("Rsubread")

但是一旦我完成安装，我就无法使用库（Rsubread）加载包，并且它告诉我没有名为的包Rsubread。

知道问题是什么吗？

非常感谢您的帮助

答案1

以下内容来自草稿。它过去一直有效，但 Rsubread 的最新更新似乎导致了问题（请参阅我对 bioconductor 的疑问)。好吧 - 如果你使用正确版本的 R/Bioconductor，它应该可以工作。我希望当前的问题将来能够得到解决。

下载 Cygwin 安装程序并开始设置。浏览对话框，直到您可以选择要安装的软件包。除了默认选择的软件包外，还要选择以下软件包（对于以“-devel”结尾的库，请仔细检查是否也选择了不带“-devel”的版本）。

  • 档案：
    • libbz2-devel：BZip 文件解压缩器
  • 开发：
    • gcc-core：GNU 编译器集合（C、OpenMP）
    • gcc-g++：GNU 编译器集合（C++）
    • gcc-fortran：GNU 编译器集合（Fortran）
    • make：make 实用程序的 GNU 版本
  • 库：
    • libcurl-devel：多协议文件传输库（开发中）
    • libiconv-devel：Unicode iconv() 实现
    • libicu-devel：IBM Unicode 国际化组件
    • libintl-devel：GNU 国际化运行时库
    • liblzma-devel：LZMA 解/压缩库（开发中）
    • libpcre-devel：Perl 兼容正则表达式库开发
    • libtirpc-devel：Sun 的传输独立 RPC 库的移植版
    • libxml2-devel：GNOME XML 库（开发中）
    • zlib-devel：Gzip 解压缩库（开发中）
  • 科学：
    • R：R 统计计算语言

完成 Cygwin 安装后，启动 Cygwin，输入“R”并按 Enter 键启动 R 控制台。至少对于短读段的对齐（即使用 Rsubread），您需要使用此控制台。请注意，Cygwin R 控制台中安装的软件包不适用于任何其他本机 R 安装（即使用安装程序安装的 Rcran.r-项目）。

好吧 - 这应该很清楚，在 Cygwin-R 中安装 Rsubread：

source("THE BIOCONDUCTOR LINK - yes, I'm not allowed to post more than 2 links")
biocLite()
biocLite("Rsubread")

通过上述步骤，这个包也可以正常工作：

biocLite(c("SRAdb", "Rsamtools", "biomaRt", "DESeq2", "edgeR", "limma"))

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