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对多个文件运行一系列命令

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对多个文件运行一系列命令

我有以下文件：

FC_014_6361.bam
FC_014_6462.bam
FC_014_6183.bam

目前，我对每个文件分别运行以下命令。例如FC_014_6361.bam命令是：

$ bedtools intersect -abam FC_014_6361.bam -b CLIA-bed-for-DRAGEN_1.bed > FC_014_6361Inter.bam

$ samtools sort FC_014_6361Inter.bam > FC_014_6361InterSort.bam

$ samtools depth -a FC_014_6361InterSort.bam -b CLIA-bed-for-DRAGEN_1.bed > FC_014_6361InterSortDepth.txt

$ awk '$3<20' FC_014_6361InterSortDepth.txt > 6361_20.txt

对许多这种类型的文件执行此操作非常乏味。有人可以帮助编写一个脚本来自动执行此操作并对其进行解释吗？

答案1

对于每个源文件名，您可以稍微修改它并将结果保存在以原始文件命名的文件中。使用这些信息我们可以构建一个循环。

将以下内容放入文件中，例如doit

#!/bin/bash
#
for bamsrc in "$@"               # For each item on the command line
do
    prefix="${bamsrc%.bam}"      # Strip off trailing .bam
    result="${prefix##*_}"       # Strip off leading *_
    echo "Processing '$bamsrc' into intermediate bam files and ${result}_20.txt"

    # Perform the processing
    bedtools intersect -abam "$bamsrc" -b CLIA-bed-for-DRAGEN_1.bed > "${prefix}Inter.bam"
    samtools sort "${prefix}Inter.bam" >"${prefix}InterSort.bam"
    samtools depth -a "${prefix}InterSort.bam" -b CLIA-bed-for-DRAGEN_1.bed > "${prefix}InterSortDepth.txt"
    awk '$3<20' "${prefix}InterSortDepth.txt" > "${result}_20.txt"
done

使脚本文件可执行

chmod a+x doit

然后使用源文件名作为空格分隔列表运行它

./doit FC_014_6361.bam FC_014_6462.bam FC_014_6183.bam

答案2

首先是这里。尚未测试它，但它可能会帮助您创建解决方案。

#!/bin/bash
for filename in *.bam;do
    number=$( echo $filename | grep -o '[0-9]\+' )
    bedtools intersect -abam $filename -b CLIA-bed-for-DRAGEN_1.bed > "$filename"Inter.bam
    samtools sort "$filename"Inter.bam > "$filename"InterSort.bam
    samtools depth -a "$filename"InterSort.bam -b CLIA-bed-for-DRAGEN_1.bed > "$filename"InterSortDepth.txt
    awk '$3<20' "$filename"InterSortDepth.txt > "$number"_20.txt
done

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