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如果跨文件的字符串之间发生匹配，则进行交叉引用

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如果跨文件的字符串之间发生匹配，则进行交叉引用

我需要帮助来交叉引用两个文件。

文件1

Aplastodiscus_albofrenatus_CFBH5051
Aplastodiscus_albosignatus_MZUSPfield1451
Aplastodiscus_arildae_USNM303022
Aplastodiscus_cavicola_MNRJ63689
Aplastodiscus_cochranae_CFBH3001

文件2

>12sval16s_Aplastodiscus_albofrenatus_CFBH5051
>12sval16s_Aplastodiscus_albosignatus_MZUSPfield1451
>12sval16s_Aplastodiscus_arildae_USNM303022
>12sval16s_Boana_palaestes_MUBI6795
>12sval16s_Boana_gladiator_MUBI5391

仅当 file1 中的字符串与 file2 中第一个“_”之后的字符串之间发生匹配时，我才想在 file2 中附加不带“">”的字符串。 file1 和 file2 中的字符串必须使用空格分隔。输出应该是这样的：

Aplastodiscus_albofrenatus_CFBH5051 12sval16s_Aplastodiscus_albofrenatus_CFBH5051
Aplastodiscus_albosignatus_MZUSPfield1451 12sval16s_Aplastodiscus_albosignatus_MZUSPfield1451
Aplastodiscus_arildae_USNM303022 12sval16s_Aplastodiscus_arildae_USNM303022
Aplastodiscus_cavicola_MNRJ63689
Aplastodiscus_cochranae_CFBH3001

我想知道 awk 是否有帮助。先感谢您。

:)

答案1

您可以使用 GNU sed 来实现此目的，但 awk 解决方案将更具可读性。

sed -rn '/^>/!{G;s:^([^\n]+)\n.*>([^_]+_)\1\.*:\1 \2\1:;P;d};H' FILE2 FILE1 > OUTPUT

输入顺序很重要：FILE1 需要最后读取，因为它是打印的，无论是否与先前存储的 FILE2 匹配。

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