我使用 samtools 对 bam 文件进行坐标排序。该命令在运行时会创建大量文件。我运行以下命令
samtools sort -o sorted.bam genomic_dataset.bam
但它给出以下结果
[bam_sort_core] 合并 1022 个文件...打开：打开的文件太多
我搜索了一下，发现打开文件的数量有限制。输出为ulimit -n1024。数据集约为560 GB，运行时间约为15小时。因此，在排序时需要创建大量的文件。说到我的问题，我怎样才能摆脱这个限制？我是一个远程 Linux 服务器