\begin{subequations}
\begin{equation}
v_{n+\frac{1}{2}}=v_n + \frac{1}{2}a(n) \Delta t
\end{equation}
\vspace{-\baselineskip}
\begin{equation}
r_{n+\frac{1}{2}}=r_n + \frac{1}{2}v_n+\frac{1}{2}\Delta t
\end{equation}
\vspace{-\baselineskip}
\begin{equation}
a(n+\frac{1}{2})=\frac{1}{m}F(n+1/2)
\end{equation}
\vspace{-\baselineskip}
\begin{equation}
v_{n+1}=v_n + a(n+1/2)\Delta t
\end{equation}
\vspace{-\baselineskip}
\begin{equation}
r_{n+1}=r_n+v_{n+1}\Delta t
\end{equation}
\end{subequations}
答案1
不要使用单独的equation环境；而是使用单一align环境，并以字符开头每行&来指示共同的对齐点。
我还建议您使用内联分数符号和/或\tfrac代替\frac方程式中的某些分数项。
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\begin{subequations}
\begin{align}
&v_{n+(1/2)}=v_n + \tfrac{1}{2}a(n) \Delta t\\
&r_{n+(1/2)}=r_n + \tfrac{1}{2}v_n+\tfrac{1}{2}\Delta t\\
&a(n+\tfrac{1}{2})=\tfrac{1}{m}F(n+\tfrac{1}{2})\\
&v_{n+1}=v_n + a(n+\tfrac{1}{2})\Delta t\\
&r_{n+1}=r_n+v_{n+1}\Delta t
\end{align}
\end{subequations}
\end{document}