Markdown 与 Latex 在论文中的应用

Question 1

毫无疑问，任何 Markdown 风格确实比 LaTeX 更好，可以专注于内容，并以合适的格式轻松格式化文档。但是，当您需要的不仅仅是标准部分和项目符号列表时，天堂就消失了。简单的格式化选项（例如将图像居中或制作两列）不可用。

这并不是对 markdown 的批评：markdown 的目的是成为一种非常轻量级的标记语言，并且必须使用简单的代码来创建简单的格式。这在很多情况下就足够了，但并非全部，这也解释了为什么有这么多 markdown 风格，添加这样或那样的功能，结果它不再那么容易使用（尤其是当您需要了解 markdown 风格之间的差异时）。

不可否认的是，即使是最复杂的版本也比 LaTeX 容易得多，但仍然相当有限。使用 LaTeX 需要更长的学习曲线，而且它也不是那么方便，但您可以制作几乎任何您能想到的文档格式，包括绘图（图表、统计图、化学公式等），而且没有 LaTeX 版本（Plain TeX 或 ContTeXt 足够独特，不会造成任何混淆）。宏允许使用可读的 LaTeX 代码实体表达复杂公式，并在需要时无缝修改它们，这是也是改变游戏规则的。

因此，正确的决定取决于您对每种标记语言的期望。瑞士军刀不是切牛排的最佳刀具，但对于卸下螺丝、剪纸以及几乎任何其他用途来说，它比餐刀更好（更安全）。

话虽如此，好消息是您可以同时使用这两把刀，即您可以在同一个纯文本文件中混合使用 LaTeX 与 Markdown 或将 Markdown 与 LaTeX 混合使用。

正如评论中所建议的，你可以使用降价包（另请参阅 CTAN 主题标记) 来简化一些部分作为嵌套列表。

或者你可以使用一种或多种更强大的 markdown 风格，例如降价，但是当这还不够时，可以在里面写一些 LateX 代码，例如，包含一个小页面或者一个无法在 markdown 中制作的复杂表格。潘多克将在生成 PDF（通过 LaTeX）时将此 LaTeX 部分作为未更改的代码传递，或在另一个 HTML 输出中将其忽略。

这种集成的另一部分可以是自定义 LaTeX 模板pandoc（您需要具备 LaTeX 的基本知识）和/或 markdown 文件中的 YAML 标头，以控制 LaTeX 前言（传递宏定义和要加载的包）。

特别是对于论文或书籍，使用 Rmarkdown（带.Rmd扩展名的文件）的另一个有趣的可能性是 LaTeX 和R.Rnw通过以下方式将R-noweb 文档（带扩展名的文件）进行集成（R 是一种统计语言）针织品（R 包）及其子.Rmd文件。主.Rnw文档基本上可以是一个典型的 LaTeX 文档，它通过或另一种 LaTeX 方法 LaTeX（而不是 .Rmd）包含\include子\input文档.tex。诀窍在于，序言中还有一个 R 块，允许在编译期间knitr调用pandoc，这将使子文件进行 markdown-LaTeX 转换，因此您只需处理文件.Rmd并编译主.Rnw文件，而不会忘记更新 .tex 文件

例子：

Chapter1.Rmd：

# My first Chapter
This is a {\huge first} chapter $E=mc^2$

Thesis.Rnw：

\documentclass{book}
<<calltopandoc, echo=F,include=F, engine='sh'>>=
pandoc Chapter1.Rmd --chapters -f markdown -t latex -o Chapter1.tex
@
\begin{document}
\include{Chapter1}
\end{document}

作为一名数学家，您肯定也会意识到，这允许您在文件中插入另一个 R 块（现在使用默认的 R 引擎）来包含 R 输出（作为图表或线性回归的结果）.Rmd：

```{r test, echo=FALSE}
2+3
```

以及以下.tex部分：

<<test,  echo=FALSE>>=
2+3
@

编辑（2021）

然而，为了管理图书项目，应该引用预订以及受 bookdown 启发的项目，如评论的 thesisdown。

main.Rnw简而言之，bookdown 与(LaTeX+R) 加上子(Markdown) 文件的区别.Rmd在于，.Rmd在解析 R 代码之前只有几个文件被合并并导出到 LaTeX 或其他文件（“合并和编织”方法）或者首先运行每个文件的 R 代码.Rmd，然后合并并导出到 LaTeX 或其他文件（“编织和合并”方法）。

要安装 bookdown，构建一个书籍项目，对其进行适当的配置（在 index.Rmd 的 YAML 标头中，_bookdown.yml和 _output.yml），并且第一次编译它并不像编译单个那么简单.Rmd file，但如果您需要构建大型书籍，则值得花时间了解其工作原理。

此外，bookdown 添加了一些 rmarkdown 扩展，如 (ref:label)。与任何 rmarkdown 一样，您也可以直接编写\ref{label}，但它将在除 LaTeX 输出外被省略，而(ref:label)可以在任何输出中使用。

编辑（2024）

目前较新的四开本取代了 Rmarkdown，虽然仍然可以使用，但不再开发。

Quarto 也基于 Pandoc 的 Markdowm，因此它与旧版 Rmarkdown 非常相似且基本兼容。将文件从 markdown 或 Rmarkdown 转换为 Quarto 格式可能很简单，只需将扩展名 .md或更改.Rmd为即可.qmd，或者可能需要进行一些小改动，主要是在标题中。作为回报，它提供了许多新功能。

它还可以管理带有章节子文档的图书项目（在本例中由_quarto.yml文件控制）或包含具有语法的文件{{< include file.qmd >}}（相当于\input{file}），因此它也可以取代 bookdown。

Answer

毫无疑问，任何 Markdown 风格确实比 LaTeX 更好，可以专注于内容，并以合适的格式轻松格式化文档。但是，当您需要的不仅仅是标准部分和项目符号列表时，天堂就消失了。简单的格式化选项（例如将图像居中或制作两列）不可用。

这并不是对 markdown 的批评：markdown 的目的是成为一种非常轻量级的标记语言，并且必须使用简单的代码来创建简单的格式。这在很多情况下就足够了，但并非全部，这也解释了为什么有这么多 markdown 风格，添加这样或那样的功能，结果它不再那么容易使用（尤其是当您需要了解 markdown 风格之间的差异时）。

不可否认的是，即使是最复杂的版本也比 LaTeX 容易得多，但仍然相当有限。使用 LaTeX 需要更长的学习曲线，而且它也不是那么方便，但您可以制作几乎任何您能想到的文档格式，包括绘图（图表、统计图、化学公式等），而且没有 LaTeX 版本（Plain TeX 或 ContTeXt 足够独特，不会造成任何混淆）。宏允许使用可读的 LaTeX 代码实体表达复杂公式，并在需要时无缝修改它们，这是也是改变游戏规则的。

因此，正确的决定取决于您对每种标记语言的期望。瑞士军刀不是切牛排的最佳刀具，但对于卸下螺丝、剪纸以及几乎任何其他用途来说，它比餐刀更好（更安全）。

话虽如此，好消息是您可以同时使用这两把刀，即您可以在同一个纯文本文件中混合使用 LaTeX 与 Markdown 或将 Markdown 与 LaTeX 混合使用。

正如评论中所建议的，你可以使用降价包（另请参阅 CTAN 主题标记) 来简化一些部分作为嵌套列表。

或者你可以使用一种或多种更强大的 markdown 风格，例如降价，但是当这还不够时，可以在里面写一些 LateX 代码，例如，包含一个小页面或者一个无法在 markdown 中制作的复杂表格。潘多克将在生成 PDF（通过 LaTeX）时将此 LaTeX 部分作为未更改的代码传递，或在另一个 HTML 输出中将其忽略。

这种集成的另一部分可以是自定义 LaTeX 模板pandoc（您需要具备 LaTeX 的基本知识）和/或 markdown 文件中的 YAML 标头，以控制 LaTeX 前言（传递宏定义和要加载的包）。

特别是对于论文或书籍，使用 Rmarkdown（带.Rmd扩展名的文件）的另一个有趣的可能性是 LaTeX 和R.Rnw通过以下方式将R-noweb 文档（带扩展名的文件）进行集成（R 是一种统计语言）针织品（R 包）及其子.Rmd文件。主.Rnw文档基本上可以是一个典型的 LaTeX 文档，它通过或另一种 LaTeX 方法 LaTeX（而不是 .Rmd）包含\include子\input文档.tex。诀窍在于，序言中还有一个 R 块，允许在编译期间knitr调用pandoc，这将使子文件进行 markdown-LaTeX 转换，因此您只需处理文件.Rmd并编译主.Rnw文件，而不会忘记更新 .tex 文件

例子：

Chapter1.Rmd：

# My first Chapter
This is a {\huge first} chapter $E=mc^2$

Thesis.Rnw：

\documentclass{book}
<<calltopandoc, echo=F,include=F, engine='sh'>>=
pandoc Chapter1.Rmd --chapters -f markdown -t latex -o Chapter1.tex
@
\begin{document}
\include{Chapter1}
\end{document}

作为一名数学家，您肯定也会意识到，这允许您在文件中插入另一个 R 块（现在使用默认的 R 引擎）来包含 R 输出（作为图表或线性回归的结果）.Rmd：

```{r test, echo=FALSE}
2+3
```

以及以下.tex部分：

<<test,  echo=FALSE>>=
2+3
@

编辑（2021）

然而，为了管理图书项目，应该引用预订以及受 bookdown 启发的项目，如评论的 thesisdown。

main.Rnw简而言之，bookdown 与(LaTeX+R) 加上子(Markdown) 文件的区别.Rmd在于，.Rmd在解析 R 代码之前只有几个文件被合并并导出到 LaTeX 或其他文件（“合并和编织”方法）或者首先运行每个文件的 R 代码.Rmd，然后合并并导出到 LaTeX 或其他文件（“编织和合并”方法）。

要安装 bookdown，构建一个书籍项目，对其进行适当的配置（在 index.Rmd 的 YAML 标头中，_bookdown.yml和 _output.yml），并且第一次编译它并不像编译单个那么简单.Rmd file，但如果您需要构建大型书籍，则值得花时间了解其工作原理。

此外，bookdown 添加了一些 rmarkdown 扩展，如 (ref:label)。与任何 rmarkdown 一样，您也可以直接编写\ref{label}，但它将在除 LaTeX 输出外被省略，而(ref:label)可以在任何输出中使用。

编辑（2024）

目前较新的四开本取代了 Rmarkdown，虽然仍然可以使用，但不再开发。

Quarto 也基于 Pandoc 的 Markdowm，因此它与旧版 Rmarkdown 非常相似且基本兼容。将文件从 markdown 或 Rmarkdown 转换为 Quarto 格式可能很简单，只需将扩展名 .md或更改.Rmd为即可.qmd，或者可能需要进行一些小改动，主要是在标题中。作为回报，它提供了许多新功能。

它还可以管理带有章节子文档的图书项目（在本例中由_quarto.yml文件控制）或包含具有语法的文件{{< include file.qmd >}}（相当于\input{file}），因此它也可以取代 bookdown。

Question 2

我的博士论文是软件工程领域的。所以我的评论受到该领域要求的影响。

LaTeX 的学习难度很高，但回报也非常丰厚。值得付出努力。

首先，您应该找到并开始使用现有的论文 .tex 文件。有许多可用的文件。在您自己的院系和同行机构内进行检查。从几乎可行的东西开始总是更容易。

您可能需要在候选期间撰写并提交多篇论文。大多数期刊都提供适合其出版物的模板。通常，您只需更改文件中的一两行即可重新生成用于不同出版物的论文。

当你遇到障碍时，看看这个网站。大多数问题在你之前已经被别人遇到过，并且已经解决了。不需要独自挣扎。

话虽如此，我还是使用 markdown 来生成文档和其他发布在网络上的材料。LaTeX 太过繁重，不适合这个用途。关键在于，在撰写论文时，大部分精力都花在思考和重写上，而不是花在处理格式问题上。

Answer

我的博士论文是软件工程领域的。所以我的评论受到该领域要求的影响。

LaTeX 的学习难度很高，但回报也非常丰厚。值得付出努力。

首先，您应该找到并开始使用现有的论文 .tex 文件。有许多可用的文件。在您自己的院系和同行机构内进行检查。从几乎可行的东西开始总是更容易。

您可能需要在候选期间撰写并提交多篇论文。大多数期刊都提供适合其出版物的模板。通常，您只需更改文件中的一两行即可重新生成用于不同出版物的论文。

当你遇到障碍时，看看这个网站。大多数问题在你之前已经被别人遇到过，并且已经解决了。不需要独自挣扎。

话虽如此，我还是使用 markdown 来生成文档和其他发布在网络上的材料。LaTeX 太过繁重，不适合这个用途。关键在于，在撰写论文时，大部分精力都花在思考和重写上，而不是花在处理格式问题上。

Question 3

我写过 2 篇论文，1 篇用 latex，1 篇用 markdown（两篇都是关于认知心理学的，需要表格、图形和数学方程式，全部采用 APA 格式）。以下是我的看法：

Markdown 是更好的方法.优点：

语法更简单；不仅更容易学习，而且使实际打字更加流畅和高效（特别是在引用、文内格式、链接、图表方面）
更简单的语法也使协作更容易；人们可以在大约 40 秒内学会 markdown（与不懂 latex 的人合作几乎是不可能的）
用途更广泛；除了学术文献之外，我没看到 Latex 有太多用途——相比之下，Markdown 已在许多领域（学术和非学术）被广泛采用

Latex 显然比 markdown 更强大、可定制性更强。但是，潘多克，这不再是问题。每当你需要做一些 markdown 无法完成的事情时，你只需包含一小段 latex 代码，pandoc 就会将你所有的 markdown 和 latex 代码整合在一起。这太神奇了

我认为最好的做法是：以 markdown 为基础格式，并加入少量 latex（甚至 html）以满足任何特殊需求。使用 pandoc 时，如果只需要少量内容（例如格式化图片或表格），则似乎没有必要使用 latex 作为基础格式。

我对 latex 项目怀有深深的敬意，但我认为 markdown 显然是学术写作的最佳继承者。这里可以找到一些类似的观点：

Stuart M. Shieber 文章

杰克·齐默曼 (Jake Zimmerman) 博客文章

Answer

我写过 2 篇论文，1 篇用 latex，1 篇用 markdown（两篇都是关于认知心理学的，需要表格、图形和数学方程式，全部采用 APA 格式）。以下是我的看法：

Markdown 是更好的方法.优点：

语法更简单；不仅更容易学习，而且使实际打字更加流畅和高效（特别是在引用、文内格式、链接、图表方面）
更简单的语法也使协作更容易；人们可以在大约 40 秒内学会 markdown（与不懂 latex 的人合作几乎是不可能的）
用途更广泛；除了学术文献之外，我没看到 Latex 有太多用途——相比之下，Markdown 已在许多领域（学术和非学术）被广泛采用

Latex 显然比 markdown 更强大、可定制性更强。但是，潘多克，这不再是问题。每当你需要做一些 markdown 无法完成的事情时，你只需包含一小段 latex 代码，pandoc 就会将你所有的 markdown 和 latex 代码整合在一起。这太神奇了

我认为最好的做法是：以 markdown 为基础格式，并加入少量 latex（甚至 html）以满足任何特殊需求。使用 pandoc 时，如果只需要少量内容（例如格式化图片或表格），则似乎没有必要使用 latex 作为基础格式。

我对 latex 项目怀有深深的敬意，但我认为 markdown 显然是学术写作的最佳继承者。这里可以找到一些类似的观点：

Stuart M. Shieber 文章

杰克·齐默曼 (Jake Zimmerman) 博客文章

Question 4

我也有同样的疑问，读弗兰的回答并决定尝试使用 RMarkdown，以便在 Markdown 中完成简单的操作并在必要时嵌入 LaTex。

经过 4 个小时终于正确安装了 RStudio 和相关工具，又花了 30 分钟尝试找出如何在 RMarkdown 中引用图表，结果发现代码块似乎无法引用（即使注入 latex 也不行），我肯定会在论文中使用 LaTex。我花了 30 分钟才得到三个不同的可定制版本。
请注意，也许它是有可能，但作为 RMarkdown 初学者，我没有在合理的时间内弄清楚这一点。

当然，我最初可能花了同样的时间才让 LaTex 运行起来，因此我是这样看待这个决定的：Markdown这使得做非常简单的事情变得非常容易，但做一些更复杂的事情（比如引用代码块）可能会令人沮丧，似乎不可能。另一方面，乳胶需要更多的时间去适应，直到简单的东西发挥作用，但一切皆有可能。

就我个人而言，我宁愿花 30 分钟去找出很多方法，以至于我无法决定要以哪种方式去做，也不愿花 30 分钟去 90% 地确定我不会找到如何去做，但这部分是因为我通常想做一些不常见的事情。

当你遇到 LaTex 问题时，最好了解一下你所在的大学是否有人可以向他们咨询。在我的大学，有一门关于 LaTex 的选修课，老师明确表示，如果我们遇到的问题需要半小时以上才能解决，我们应该给他发一封电子邮件。

Answer