在 HPC 集群上,我尝试permute2.sh
使用 GNU 并行从 1 个 bash 脚本运行多个 bash 脚本 ( ),但它并不能完成每项工作。它随机完成一项工作,而卡在另一项工作上。
permute1.sh:
PROCS=144
permuations=1000
seq 1 $permuations | parallel -j $PROCS sh permute2.sh {}
permute2.sh(从文件中随机抽取 100 行并对其执行一些操作以进行排列)
id=$1
randomlines=100
awk 'BEGIN{srand();} {a[NR]=$0}
END{for(I=1;I<='$randomlines';I++){x=int(rand()*NR);print a[x];}}'
FILE.txt > results/randomlines.$id.txt
# do stuff with randomlines.$id.txt..
当我运行时, permute1.sh
我可以看到它为每个 cpu 1 创建了 144 个文件(randomlines.1.txt - randomlines.144.txt),但其中大多数是空的并且停止工作,有些已完成。我究竟做错了什么?
答案1
您的ulimit -u
值 < 144。让管理员更改它。