☰

Overleaf 上的 Texshade 不会按序列选择氨基酸

tag-icon • tag-icon bugs protein
Overleaf 上的 Texshade 不会按序列选择氨基酸

我想突出显示蛋白质序列中的某些短氨基酸序列。通过指定它们的编号来选择它们是可行的，但由于其中一些出现了几次，我更愿意按序列进行选择。虽然我完全按照用户手册中的描述进行操作，但它只是忽略了我的\shaderegion命令（它应该选择所示序列中的前四个残基）。

\documentclass{article}

\usepackage{texshade} 

\begin{document}

\begin{filecontents*}{protein.fasta}
>sp|P42566|EPS15_HUMAN Epidermal growth factor receptor substrate 15 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EPS15 PE=1 SV=2
MAAAAQLSLTQLSSGNPVYEKYYRQVDTGNTGRVLASDAAAFLKKSGLPDLILGKIWDLA
DTDGKGILNKQEFFVALRLVACAQNGLEVSLSSLNLAVPPPRFHDTSSPLLISGTSAAEL
PWAVKPEDKAKYDAIFDSLSPVNGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGML
DRDEFAVAMFLVYCALEKEPVPMSLPPALVPPSKRKTWVVSPAEKAKYDEIFLKTDKDMD
GFVSGLEVREIFLKTGLPSTLLAHIWSLCDTKDCGKLSKDQFALAFHLISQKLIKGIDPP
HVLTPEMIPPSDRASLQKNIIGSSPVADFSAIKELDTLNNEIVDLQREKNNVEQDLKEKE
DTIKQRTSEVQDLQDEVQRENTNLQKLQAQKQQVQELLDELDEQKAQLEEQLKEVRKKCA
EEAQLISSLKAELTSQESQISTYEEELAKAREELSRLQQETAELEESVESGKAQLEPLQQ
HLQDSQQEISSMQMKLMEMKDLENHNSQLNWCSSPHSILVNGATDYCSLSTSSSETANLN
EHVEGQSNLESEPIHQESPARSSPELLPSGVTDENEVTTAVTEKVCSELDNNRHSKEEDP
FNVDSSSLTGPVADTNLDFFQSDPFVGSDPFKDDPFGKIDPFGGDPFKGSDPFASDCFFR
QSTDPFATSSTDPFSAANNSSITSVETLKHNDPFAPGGTVVAASDSATDPFASVFGNESF
GGGFADFSTLSKVNNEDPFRSATSSSVSNVVITKNVFEETSVKSEDEPPALPPKIGTPTR
PCPLPPGKRSINKLDSPDPFKLNDPFQPFPGNDSPKEKDPEIFCDPFTSATTTTNKEADP
SNFANFSAYPSEEDMIEWAKRESEREEEQRLARLNQQEQEDLELAIALSKSEISEA
\end{filecontents*}

\begin{texshade}{protein.fasta}
\shadingmode{diverse}
\residuesperline{50}
\setdomain{1}{400..600}
\hideconsensus

\shaderegion{1}{ELDE}{Red}{Green}

\hidenames
\showruler{1}{top}
\end{texshade}

\end{document}

本版本在背面包括当前的 texshade.sty 文件，其默认文件存在已知问题。

答案1

作者现在已经在 texshade ctan.org 页面的当前版本 1.26b 中为 \shaderegion 添加了此功能！

相关内容