awk 文件目录

Question

给定一个充满 .sam 文件的目录，对于每个文件：

1. 如果column3=blah且451000 =<column4 <= 468999，则将行写入file_ribos.sam

2. 否则，将行写入 file_non_ribos.sam

输入示例

# file_1.sam    
abc  123  blah  451200
abc  123  blah  450999

示例输出

# file_1_ribos.sam
abc  123  blah  451200

# file_1_non_ribos.sam
abc  123  blah  450999

我的代码似乎失败了。我究竟做错了什么？

for file in *.sam ; do
  awk -F"\t" '
   {if($3 == "blah" && $4 >= "451000" && $4 <= "468999") {
     {print $0} > "$(basename "$file" .sam)_ribos.sam";}
    else {print $0} > "$(basename "$file" .sam)_non_ribos.sam";}
  ' $file;
done

Answer 1

我稍微重构了你的代码......

for file in *.sam ; do
  awk -v basename="$(basename $file .sam)" '
    { non = ($3 == "blah" && $4 >= 451000 && $4 <= 468999) ? "" : "_non"
      outfile = basename non "_ribos.sam"
      print > outfile
    }
  ' "$file"
done