我有一些文件（采用 .bam 格式（二进制））要从某个位置下载。我可以使用 wget 下载它们，然后只想从中提取一些特定信息。为此，我使用 samtools。我想知道的是，有没有一种方法可以即时从 bam 文件中提取我想要的内容，这样我就不必下载整个 bam 文件，然后提取我需要的内容，然后删除原始的内容bam 文件。
使用的命令是
wget link.bam
samtools view -h chr1 link.bam | samtools view -bS > condensed.bam
可以在不将整个原始 bam 文件下载到我的硬盘上的情况下完成此操作吗？我想这样做是因为我的空间不足并且这些文件很大。
希望收到你们的来信。
谢谢
答案1
标准方法是wget -O- _url_ | samtools view -h chr1 - | samtools view -bS >condensed.bam。如果您不确定，那是 O 代表输出，而不是零。
如果您知道有多少字节与下一个管道相关，则可以获得另一个优化步骤。假设samtools只需要前 1352 个字节。您可以使用curl（根据这个问题/答案，wget有一个错误。）
curl -r 0-1352 | ...