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GPU 上需要非键相互作用，但不支持这些模拟设置

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GPU 上需要非键相互作用，但不支持这些模拟设置

当我在 GPU 上运行 Gromacs 时出现此错误：问题出在哪里？

谢谢

GROMACS:   gmx mdrun, version 2018
Executable:   /opt/Gromacs-5.1.4/bin/gmx
Data prefix:  /opt/Gromacs-5.1.4
Working dir:  /home/linux/Downloads/test
Command line:
  gmx mdrun -deffnm md -nb Agpu

退后！我刚刚退到md.log了./#md.log.7

# NOTE: GPUs cannot be detected:

      CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version
      Can not use GPU acceleration, will fall back to CPU kernels.
      Reading file md.tpr, VERSION 2018.3 (single precision)

GPU 未实现多能量组，而是回归到 CPU。为了获得更好的性能，请在没有能量组的 GPU 上运行，然后使用能量组 .tpr 文件在轨迹上执行 gmx mdrun -rerun 选项。

Program:     gmx mdrun, version 2018
Source file: src/gromacs/taskassignment/decidegpuusage.cpp (line 292)
Function:    bool gmx::decideWhetherToUseGpusForNonbonded(gmx::TaskTarget, const std::vector<int>&, EmulateGpuNonbonded, bool, bool, bool)

Inconsistency in user input:

Nonbonded interactions on the GPU were required, but not supported for these
simulation settings. Change your settings, or do not require using GPUs.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

答案1

这里有一些想法：您不能在将在 GPU 上运行的任何 .tpr 文件中使用多个能量组。以前的版本可以运行，但能量组输出是垃圾。单独的组应该只指定为分析，并在 CPU 上使用 mdrun -rerun 完成。

https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2018-August/121644.html

换句话说，您需要从 .mdb 文件中删除能量组。然后您可以在重新运行步骤中添加它们，以计算自由能。

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