每次更新 MiKTeX 后，安装都会进入不一致状态。这可能是软件包的问题（示例见这个问题)，但有时软件包会被拆分或重命名。我记得的情况是amslatex被拆amsmath分成amscls并于何时miktex-etex-base-2,9更名为miktex-etex-base-2.9（如果我没记错的话；我确信要么是那样，要么是类似的东西）。在每种情况下，MiKTeX 更新过程都建议删除“旧”软件包，但它没有给用户任何提示，让他手动将相应的替换软件包重新添加到软件包管理器中，以使 MiKTeX 安装恢复到可用状态。
保持 MiKTeX 保持最新的最佳实践是什么？请注意，我并不是在询问有关安装新软件包或字体的一般问题；还有其他问题涉及这个领域。
- 应该按照什么顺序执行更新过程和存储库同步？
- 根据这个答案，建议在更新之前检查一下 MiKTeX 主页。还应该做什么？
- 何时、以何种顺序（以及为什么）应该执行 MiKTeX 选项菜单中的“刷新 FNDB”和“更新格式”过程？
- 还有什么可能发生？还有其他建议吗？
答案1
2018 年新增：MiKTeX 控制台
2018 年出现了一个新工具 MiKTeX 控制台，它统一了以前使用的所有三个工具（设置、包管理器、更新管理器）。
您可以使用控制台检查更新、安装新软件包、添加本地根目录并运行大多数维护任务。现在还添加了用于管理格式和语言的选项卡。
控制台可以在两种模式下运行（管理员和用户），根据文档，它将在多用户安装时询问您要使用哪种模式。如下所述，您将需要两个都模式。
现在可以通过任务菜单中的条目 来同步存储库tasks->Update package database。
FNDB 可以使用 进行更新tasks-> Refresh file name database。
任务菜单中新增了重新创建字体映射的条目。这意味着不再需要updmap在命令行上运行。tasks->Refresh font map files可以改为使用。
一些文档在这里https://miktex.org/howto/miktex-console
2018 年编辑：Windows 和 Linux
当我写这个答案时，MiKTeX 确实只能在 Windows 上运行。现在出现了 Linux 版本。请注意，那里的情况可能会有所不同，例如，安装需要一些特殊步骤（https://miktex.org/howto/install-miktex-unx）检查文档！
管理员 + 用户模式
如果你有多用户安装，则必须维护 miktex两个都模式。仅管理员模式无法完成所有事情，它无法更新用户安装的软件包，无法更新格式以及用户拥有的 FDNB 和地图文件。
因此，请在两种模式下运行更新管理器并同步两个包管理器。有时您还必须创建用户和更新映射文件的格式（见下文）。
同步
Miktex 有一个离线数据库，其中包含有关可用软件包、其内容以及如何安装它们的信息。Miktex 需要这样一个离线数据库来进行即时安装：除了其他问题之外，如果 miktex 每次文件丢失时都下载信息，编译速度会大大减慢。
当在线存储库中添加了新软件包时，或者由于某种原因重新排列或重命名了软件包时，您 PC 上的离线数据库不再是最新的，您应该“同步”（软件包管理器中的菜单存储库）。如果您有多用户安装，请在两个软件包管理器（管理员 + 用户）中同步。由于您无法知道是否是这种情况，因此您应该使用合理的经验法则：每月同步一次，如果更新管理器删除了某些软件包，在运行大量更新之前，如果您正在寻找新软件包，如果您遇到奇怪的错误。
更新
您应该定期以管理员 + 用户模式运行更新管理器来检查是否有新软件包。在单击“更新”按钮之前，请动动脑筋：更新确实会改变系统，因此可能会破坏系统。如果您没有时间处理问题，请不要更新。如果软件包被删除并且您不了解其含义，请不要更新。等待几天不会有什么坏处（我在三个系统上安装了 miktex，它们的使用时间相差数周）。
FNDB + 格式 + 地图文件：
一般来说，如果您使用包管理器安装包，就不需要采取任何措施。
但也有例外：
联邦国防军
如果您安装文件手动您应该始终更新 FNDB（如果您不知道哪一个是正确的，请在管理员+用户模式下），当 miktex 似乎找不到已安装的东西时，这样做并不会造成坏处。
格式
用户格式（使用 miktex 设置用户版本中的按钮创建）优于管理员格式。更新管理器（管理员）无法更新此类用户格式，因此如果您有此类格式，您（有时）必须自己执行此操作，方法是单击更新格式miktex 设置（用户版本）中的按钮。
在 miktex 设置的格式选项卡中，您可以排除和包含您想要创建的格式。被排除的格式永远不会自动更新。因此，如果格式没有改变，请检查其状态。
有时 miktex 会在更新基础文件后忘记触发格式生成。然后您应该在 miktex 设置中手动更新格式（管理员或用户，取决于旧格式的位置）。
创建格式可能会失败（这种情况并不常见）。在这种情况下，构建一从 miktex 设置中的格式选项卡中格式化失败，复制错误消息并寻求帮助。
地图文件
在相当多的多用户安装中，即时安装会创建用户映射文件。这些文件必须updmap在安装包含 type1-fonts 的软件包后通过命令行手动更新。
重要更新
关键更新是改变核心 miktex 包（miktex-列表中以 开头的包）的更新。
很难甚至不可能恢复核心软件包的安装。如果在进行此类更新后二进制文件损坏，则可能会严重妨碍您的工作。因此，请仔细考虑是否是进行更新的合适时机。如果您处于生产环境中，最好稍等片刻，然后检查邮件列表和错误跟踪器以查找报告。
在某些情况下，此类更新还需要一些新软件包，例如某些软件包的较新版本.dll或某些新工具。更新管理器不会向您显示新软件包。它也不会警告您需要这些软件包并应安装它们。
当你看到一个看起来很重要的更新列表时，最好第一的启动包管理器（多用户设置中为（管理员）），同步数据库（菜单repositories），检查是否有未卸载的miktex-包并安装它们。
如果您忘记了这一点，并且 miktex 在如此关键的更新之后失败：不要恐慌。通常，您可以使用工具的命令行版本来安装缺少的软件包，甚至可以从 CTAN 下载后手动安装。