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使用Latex撰写医学文章有用吗？

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使用Latex撰写医学文章有用吗？

我是一名即将进入研究领域的医学生。下个月我将开始与一位研究人员合作，他希望我学习如何撰写文章、选择特定期刊、寻找材料……我已经有一段时间没有（表面上）关注 tex 世界了。在过去的几天里，我下载了一个 Elsevier 模板并尝试编译它，发现它相对容易。

我现在试着更具体地回答我的问题。你们知道医学研究人员是否使用 tex 来撰写文章吗？我的担忧与这样一个事实有关：有很多不同的期刊（science group、elsevier、nature、cell 等），目前我不知道您是否可以编译 Elsevier 模板，最后，当您选择指定的期刊时，可以轻松切换到该期刊的首选样式。

答案1

我对这个案例中 LaTeX 实用性的具体看法是：

  1. 与他人合作：一般来说，不会。

    除了数学家之类的，特别是在生物医学研究领域，不幸的是很难找到 LaTeX 粉丝，尽管我认为这在很大程度上取决于学术环境（例如，如果你的大学有 LaTeX 的官方论文模板，也许你会很幸运）。

  2. 发送至生物医学期刊： 你的旅费可能会改变。

    在许多情况下，主编是高级研究员（因此，适用第 1 点），对印刷问题毫无兴趣（这些问题留给廉价的印刷厂，嗯……再次参见第 1 点）。这解释了指南通常要求使用 Word 格式，甚至是商业更新世化石格式（参见 mring 的回答）。

    幸运的是，除了例外，也有一些重要的学术出版公司，如 Elsevier 和 Kluwer，它们拥有许多最好的医学期刊。

  3. 写作时专注于内容： 是的

  4. 轻松更改格式： 是的

    第 3 点和第 4 点都不需要评论（Mico 的回答中已经很好地解释过了）。

  5. 进行可重复的研究：是的。非常宝贵

    由于大多数实验和观察研究都包含一些统计结果或统计图表，因此文学编程使用 RSweave或knitr手动翻译 SPSS 或其他程序的结果比在 Word 中书写更具优势。老实说，也有解决方案可以使用 Word 格式（.doc.、.rtf 或 .odt）的 R 输出进行可重复的研究，请参阅CRAN 中的可重复研究任务) 但我不知道这种替代方案在 LaTeX 方式下存在什么问题以及是否容易实现（欢迎针对这个问题进行编辑）。

也就是说，为了专​​注于内容并轻松切换到期刊的首选样式要求，您可以考虑一些非 LaTeX 选项：

  • 写进山猫（有利于聚焦内容）然后根据需要导出为 LaTeX、HTML、ODT。

    （...是的，严格来说，LyX 不是一个 LaTeX 选项，因为 LyX 不仅仅是一个 LaTeX 编辑器，而且还是一个可以导出为 LaTeX、DocBook（SGML、XML）和其他格式的文档准备系统。）

  • 用纯文本编写（没有什么比专注于内容更好），然后提供基本结构（部分，列表）和文本格式（科学名称中的斜体等）Markdown或者重新结构化文本。任何文本编辑器都适合，但至少对于 Linux 用户，我建议使用 ReText（具有 PDF 预览的 GUI，可以导出为 HTML 和 ODT 格式）。轻量级标记语言的一大优势在于潘多克您可以将此文本转换为 LateX、RTF、Word 和许多其他格式。

免责声明：格式转换从来都不是免费的。根据文件格式的类型、源文档的复杂性和最终文档的具体指导原则，您总是会为文件转换“付出代价”，但将干净的 mardown 转换为 LateX 或 Word 可能比直接从到.tex到.docx导出 .doc问题要少得多.tex（通常不是一个好主意）。

答案2

有趣的是，根据投稿指南美国医学会杂志稿件文件格式， 它指出

为便于提交和审阅，可接受的稿件文件格式包括 Word 和 WordPerfect。请勿提交 PDF 格式的稿件。

答案3

老实说，我不同意大多数通常推荐使用 LaTeX 的答案。如果你的主要目的是在你所在领域的一些主要期刊上发表科学文章，我肯定会先看看他们的投稿指南。我知道我所在领域的许多期刊（心理学、教育科学）tex根本不接受文件。他们也不接受PDF。他们想要doc或rtf有时odt。这背后的原因只是他们的出版过程。以下是我上面评论的复制和粘贴：

因此，他们只希望将“内容”置于适合其内部流程的“标准化”格式中。他们通常使用 Adob​​e 产品（或类似的所见即所得 DTP 软件）进行设置。他们只是从提交的 doc/rtf 文件中复制和粘贴... 因此，这样一来，提交过程与排版/印刷过程没有直接关系。总而言之，tex 或 pdf 文件会让他们的生活更加困难，这就是他们不想将它们用于提交的原因。

另一个重要方面可能是大多数期刊都要求您以标准化（且难看）的格式样式（例如，APA ...）提交论文。因此，您不需要一种让您的论文看起来漂亮的工具，因为它一开始就不必看起来漂亮。此外，当出版商排版您的论文或需要某种格式样式时，TeX 的许多优势（例如，浮动图形等）就不再需要了。例如，APA 样式希望您将所有图形放在论文末尾。尽管如此，我不得不承认，当某种样式包已经存在时，TeX 可能会让您更容易坚持他们要求的样式。

此外，我完全同意 Fran 关于协作问题的观点：除非你的大多数同事都使用 TeX，否则你将永远只能使用他们使用的软件（最常见的是：标准办公套装）。换句话说，你的同事最常用的工具将是你想要或必须使用的工具。（就我而言，我经常甚至不能使用 LibreOffice/OpenOffice，因为其他人都在使用 MS Word。两者仍然不完全兼容，而且可能永远不会兼容。）

但是，写论文需要时间。使用 TeX 来制作您自己的中间工作论文可能是有充分理由的。Fran 撰写了关于可重复研究等的文章。只要您不必在这些中间版本上进行协作，TeX 可能是您最好的朋友。但是，请确保您知道如何将您的tex或pdf文件转换为期刊要求的格式（例如，参见pandoc）。

总结：明确您所在领域的期刊接受何种格式的投稿。因此，您必须知道您的排版/文字处理工具是否能够生成这种格式。如果不能，最终您将花费大量时间和精力。

（顺便说一句：这对于图表来说也是如此，许多期刊只接受png或tiff。但是，这很少会造成任何问题，因为图像很容易从一种格式转换为另一种格式。至少通常......）

答案4

如果有一份允许以 LaTeX 格式发送文章的医学期刊清单就太好了。

我开始写一个最简单的文章，其中包含提交指南的链接，包括我们最喜欢的排版系统：

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