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在 bash 模式下运行时安装缺少的 R 软件包

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在 bash 模式下运行时安装缺少的 R 软件包

R我经常在 bash 模式下运行脚本。我的脚本名为981_conduct_regression.R.在此脚本中，我使用以下命令调用所需的包

if(!require(<package>)){
  install.packages("<package>")
  library(<package>)
}

现在，当我从 bash 模式（在 Ubuntu 14.04 上）调用脚本时，脚本（如下所示）无法安装软件包：

Loading required package: gridExtra
Installing package into ‘/home/michael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: source ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘gridExtra’
Execution halted

我必须改变什么才能让我的想法发挥作用？

编辑：这是.sh文件：

#!/bin/bash

Rscript Code/981_conduct_regression.R

答案1

您需要指定您的CRAN镜像；在 R 中交互式运行

chooseCRANmirror()

选择合适的镜子，然后

options("repos")

查看生成的 URL。您可以将其永久添加到您的配置中~/.Rprofile：

local({r <- getOption("repos")
   r["CRAN"] <- "<URL from above goes here>" 
   options(repos=r)
})

答案2

根据 Stephen Kitt 的建议，这解决了问题：

~ $ cat .Rprofile 
local({r <- getOption("repos")
   r["CRAN"] <- "https://mirror.las.iastate.edu/CRAN/" 
   options(repos=r)
})

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